Esta región es alimentada por una densa red hidrológica integrada por los ríos Usumacinta, Lacantún, Jataté, Tzendales y Lacanjá, entre otros; y por los lagos Miramar, Ocotal y Lacanjá. Presenta cuerpos lacustres de naturaleza cárstica y es una área muy importante en la captación de precipitación pluvial que actúa como recarga de acuíferos subterráneos.

Representa un ecosistema de alta diversidad y fragilidad; selva alta perennifolia, selva mediana subperennifolia, bosque mesófilo de montaña y una extraordinaria importancia ecológica por sus lagunas y su biodiversidad (dentro de la que se encuentran especies en peligro de extinción, como el hocofaisán, el águila arpía, el quetzal y el jaguar).

Metzabok y Nahá tienen una extensión aproximada del 30% de la superficie de la Selva Lacandona. En ellas se encuentran asentadas pequeñas comunidades de la etnia lacandona que conservan aspectos culturales como su lengua, vestimenta y tradiciones; y administran la infraestructura turística.