Misol Ha se encuentra en la selva tropical alta de la sierra chiapaneca, por lo que es posible observar vegetación compuesta por grandes árboles como caoba, chicozapote y palo de agua. Es el hábitat natural de coyotes, armadillos, zorrillos, osos hormigueros, saraguatos y tigrillos; y aves como loros, chachalacas, tucanes y faisanes.

Además de la imponente cascada principal, el sitio cuenta con otros atractivos como una gruta a la que se llega por un andador que pasa por detrás de la cortina de agua, dentro de ella hay un nacimiento de agua que crea un riachuelo que cae hacia la poza principal, todo esto en medio de un área arbolada de 15 hectáreas de selva.

El Centro Ecoturístico es administrado por la comunidad Chol del ejido San Miguel. Cuenta con cabañas, área para acampar, sanitarios y restaurante. Esta comunidad se caracteriza por guardar fielmente sus tradiciones, como la quema de velas dentro de las cuevas para pedir por la lluvia y las buenas cosechas.