Misol Ha se encuentra en la selva tropical alta de la sierra chiapaneca, por lo que es posible observar vegetación compuesta por grandes árboles como caoba, chicozapote y palo de agua. Es el hábitat natural de coyotes, armadillos, zorrillos, osos hormigueros, saraguatos y tigrillos; y aves como loros, chachalacas, tucanes y faisanes.